U sklopu Franjevačkoga samostana nalazi se arheološka zbirka zvana Muzej Humac. Utemeljena je 1884., četiri godine prije Zemaljskoga muzeja BiH u Sarajevu. Sadržava eksponate s područja Hercegovine od neolitika do srednjega vijeka, u različitim materijalima: kamenu, bronci, bakru, željezu, srebru, zlatu, keramici, staklu i drvetu. Ljubuški kraj najbogatiji je ostatcima rimske kulture u cijeloj Hercegovini. Pronađena su 74 kamena natpisa, od kojih je najviše vojnih nadgrobnih spomenika (stela), ponekad naručivanih iz poznatih radionica u Tiluriju (Trilju) i Naroni (Vidu kod Metkovića). U Muzejskoj zbirci nalazi se Humačka ploča, jedan od najstarijih i najznačajnijih ćiriličnih spomenika na području BiH. Natpis govori o gradnji crkve Sv. Mihovila Arkanđela, čiji ostaci nisu pronađeni, a pisao ga je slabo pismen klesar u obliku spirale.

Unutar samostana otvorena je zbirka umjetnina naziva “Majka”, s oko 250 umjetnina. Zastupljeno je 40–ak kipara i 20–ak slikara iz Hrvatske i BiH, dva kipara iz Slovenije, ruski slikar Aleksandar Zvjagin, te nekoliko kipara i slikara iz Konga. Od hrvatskih kipara ističu se Ivan Meštrović, Antun Augustinčić, Frano Kršinić i Zlatko Prica.